Los primeros pobladores de la región fueron los tecuexes, hacia 1218; formando el pequeño tlatoanazgo de Coyutla, dependiente de Tololótlan tributario de Tonállan.
En 1824 era capital del Departamento de Tonalá. Por el decreto del 8 de abril de 1844 se estableció su ayuntamiento y adquirió su categoría de municipio.
Tzápotlan

junto a los zapotes;
Tzápotl=zapote,
tlan=entre
(representado por: tzápotl=zapote, tlántli=diente por el sonido tlan)