Antiguamente esta región estuvo habitada por indígenas wirxaritari, del tlatoanazgo de Colótlan. los españoles guiados por Pedro Almíndez Chirinos invarieron este lugar a fines de 1530. Después llegó Cristóbal de Oñate. Hacia 1673 era una hacienda llamada "Juanacatic". En 1676 se explotó el salitre que había en el valle y se le llamó "El Salitre". El decreto del 30 de abril de 1921 lo erigió municipio, y el 23 de mayo del mismo año se le denomino "Villa Guerrero" en memoria del insurgente Vicente guerrero.

Xonacátic entre las cebollas; xonacátl=cebolla, ític=dentro