Los indígenas nahoas se establecieron en esta región, en Cuesentla al norte del sitio actual en la falda del volcán de fuego, dependiendo del tlatoanazgo de Tzapotítlan, tributando a Tzapótlan. La conquista española se realizó en octubre de 1524 por Francisco Cortés de San Buenaventura. Se desconoce el decreto que creó el municipio, pero se supone que ya existía antes del 13 de marzo de 1837, aunque el ayuntamiento se estableció hasta el 11 de noviembre de 1861.

Toníllan lugar calentado tonílli=calentado, tlan=entre (representado por: Tonátiuh=el sol, tlántli=diente,por el sonido tlan)