Antiguamente se asentaron los nahoas que pasaron por esta región y se les llamó tlajomulcas.
Fue un pueblo poderosos con su tlatoani Tlaxamulpílli, quien en 1226 dominó Tlállan, Acátlan y otros pueblos.
En 1530, Nuño de Guzmán conquistó Tonalá y recorrió esta región, siendo recibido pacíficamente por el tlatoan indígena Cóyotl.
En 1811, el cura Ramón Flores murió peleando con su pueblo en la lucha por la Independencia. En 1824 se establecieron sus límites, incluyendo a Toluquilla, Santa María Tequepexpan y San Sebastianito. Fue municipio desde 1883. ya se menciona como municipio.
Tlaxomúlco

en el rincón;
Tlaxomúlli=rincón o esquina,
co= lugar