Esta región llamada "Los Altos" estaba habitada por indígenas otomíes, En el siglo XII llegaron los mexicas que veneraban a "Atlaquiáhuitl"(Señor de las Aguas, en náhuatl).

La conquista española la realizo Alonso de Avalos en 1523, quien hizo creer a los tlatoani que los independizaría del rey Colima, pero los sujetó al gobierno virreinal.

Desde 1825 perteneció al 8° cantón de Sayula, el 8 abril de 1844 estableció su ayuntamiento y hasta el 21 de febrero de 1891 se le menciona como municipio.
Tlapalpan

en la tierra para pintura;
tlapálli=tierra de color,
pan=sobre
(representado por: tlapálli=tierra roja(círculo), pánti=bandera, por el sonido pan)