Originalmente el poblado estuvo habitado por indígenas nahoas.
Hacia 1532 invadió la región Nuño de Guzmán, y encomendó estas tierras a Juan Fernández de Híjar, quien tomó el poblado en 1540. Entonces el poblado se encontraba al sureste de su actual ubicacion ¨Barrio Alto¨. En 1599 los españoles fundaron el pueblo como ¨Santiago de Talpa¨.
De 1825 a 1844 pertenecio al 6º canton de Autlán. Fue cabecera de Departamento desde el 30 de abril de 1871. El 18 de septiembre de 1885 se le llamo ¨Talpa de Allende¨ en honor del insurgente, el Gral. Ignacio Allende.