Hacia 1187 se fundo el poblado de ¨Atoyanalco¨, habitado por indigenas nahoas.

Pedro Almindez Chirinos exploro la region y despues Cristobal de Oñate, en 1530. Cambio de nombres desde 1542: ¨San Miguel de Ojo de Agua¨ y ¨San Miguel de los Alacranes¨.

Por decreto del 19 de Febrero de 1822 se erige municipio con el nombre de ¨San Miguel el Alto¨, por estar situado en el cerro de los Altos. El primer ayuntamiento es del 17 de Abril de 1822. Fue cabecera de partido perteneciendo al Distrito de Lagos en 1837.

Atoyanalco

al otro lado del rio;
atoyatl=rio,
nalco=al otro lado