En la epoca prehispanica fue un pueblo indigena sujeto al tlatoanazgo de Amecan. En el siglo XII cuando pasaron los teponahuales rumbo a Colliman, una parte se asento en este lugar. El tlatoani Histinguarit de Huitzquilic entrego las tierras y su gente a los invasores españoles, quienes se establecieron el 19 de Febrero de 1540, y llamaron al pueblo ¨San Martin de la Cal¨, por sus abundantes minas. El pueblo estuvo sujeto a Zacoalco. En 1812 pertenecia al municipio de Etzatlan. Ya era municipio el 13 de Marzo de 1837 y en 1883 se le llamo ¨San Martin Hidalgo¨, para recordar al padre de la patria: Don Miguel Hidalgo y Costilla.

Huitzquilic lugar de cardos; huitzquilit=cardo, co=lugar