Originalmente fue fundado por los indigenas nahoas en 1189, perteneciendo al tlatoanazgo tecuexe de Mizquititlan.
La conquista española la realizo Pedro Almindez Chirinos en 1529 y por Cristobal de Oñate en 1530. El poblado fue llamado ¨San Juan Bautista de Mezquititlan¨ en 1542. El 13 de julio de 1633 se autorizo a familias españolas para que poblaran el lugar, al cual el rey Carlos V le concedio el titulo de ¨Villa de San Juan de los Lagos¨, en 1798.
En 1824 era departamento y tenia ayuntamiento desde el 8 de Abril de 1844.