La región fue conquistada en Marzo de 1525 por los españoles capitaneados por Francisco Cortés de San Buenaventura, llamando a la región "Valle o Bahia de Banderas".

"Las Peñas",por sus enormes peñascos, se convirtió en 1851 en el rancho de "Las Peñas de Santa María de Guadalupe", por su fundador José Guadalupe Sánchez Torres. El 14 de Julio de 1885 se abrió el tráfico marítimo y se le llamó "Puerto las Peñas o de Peñas". El 31 de Mayo de 1918, el Congreso del Estado elevó a categoría de municipio a "Puerto Vallarta", en memoria del ilustre jurisconsulto y exgobernador de Jalisco , D.Ignacio Luis Vallarta (1830-1893).