En 1530 fue la invasión española con Pedro Almíndez Chirinos, cuando sus habitantes los indígenas cocas, eran gobernados por el tlatoani Ponzehui que fue bautizado como Pedro Ponce, de donde dice la tradición que se originó la palabra "Ponzítlan" .

En 1825 tenía ayuntamiento. De 1825 a 1878 perteneció a la Barca, Guadalajara y de nuevo a la Barca. Se erigió en municipio del 27 de Mayo de 1886, se suprimió el 5 de Octubre del mismo año y se constituyó de nuevo el 21 de Febrero de 1888.