Los primeros habitantes fueron los indígenas tecos, dependiendo de tlatonazgo de tlálpanl, Teóco (El Tuito) y chacala, tributarios del Tlatoanazgo de Xalíxco.
Durante la conquista española, le llamó Francisco Cortés de San Buenaventura ¨Valle de Banderas¨ y dependio de la provincia de tenamaxtlan, encomienda de Pedro Gómez en 1525.
El departamento de Mascota se constituyó el 22 de marzo de 1824, y en 1825 ya tenía ayuntamiento. Hasta 1910 se convirtio en municipio.

Mazcóta

en el pinar de venados;
mázatl=venado,
ócotl=pino,
tla=abundancia
(representado por: mázatl=venado, ócotl=pino de ocote, tlántli=diente, por el sonido tlan