Los primeros indígenas habitaban en Xochitépec, gobernado por Coaxicar.
Cuando invadieron los españoles le llamaron ¨Santa Magdalena Juchitepec¨ por que bautizaron con el nombre de Magdalena a la hija del tlatoani de la región, Coaxicar; quien se alió con Tenamáztli en la rebelion indigena y lucharon en la ¨batalla del Miztón¨ contra los invasores.
Desde 1825 ya tenia ayuntamiento, perteneciendo al 5º cantón de Etzatlán; se desconoce el decreto que creo este municipio, pero ya existía el 13 de marzo de 1837. Pertenecio al 12º cantón de Tequila-Ahualulco desde 1872.