Los primeros pobladores fueron los indígenas purépechas del reino de Michoacan.
La invasión española fue en 1523 por Alfonso de Avalos, y dependio de Sayula. Se llamo al poblado "San Miguel de las Flores", fundado por Mariano Gil, su esposa, y las familias Alvarez y Moreno.
Se erigió municipio el 21 de octubre de 1909, siendo gobernador del estado Miguel Ahumada. El 15 de diciembre de 1968, por decreto se le cambio el nombre por el actual, por segun la tradición, abundan los arboles de tejocote, llamados "manzanilla" y por ser un poblado pacifico se denomino "de la paz".