En la region llamada "Pechichitlan" hubo algunos lagos, en cuyas márgenes habitaban los temidos indígenas chichimecas y cascanes.

Con la invasión española, el 5 de enero de 1563 la Real Audiencia de Guadalajara autorizó el establecimiento de la villa de Santa María de los Lagos, la que se fundó el 31 de marzo de 1563, con 73 familias.

El 11 de abril de 1829 se le cambio el nombre por el actual, en honor del caudillo insurgente Pedro Moreno. En 1925 se erigío municipio.