El nombre primitivo del lugar fue "xonocoxtle", a 1 km del poblado actual que se llama "La Mesita"; estuvo habitado por indígenas otomíes y nahoas.

Los españoles invadieron la region en 1530, al mando del capitan Nuño de Guzman. Refundando el poblado en 1662

Ya en 1825 dependia del ayuntamiento de Zapotlanejo. El 9 de diciembre de 1898 se erigio municipio.

Xonacátlan

entre cebollas;
xonàcatlan=cebolla,
tlan=entre
(representado por; xonàcatl = cebolla,
tlàntli = diente, por el sonido tlan)