La región del valle de Atemáxac o Atemaxáque estuvo habitada por indígenas cocas y tecuexes, descendientes del Tlatoanazgo de Tonállan.
La zona fué conquistada por nuño de Guzmán, y fundada la villa el 14 de febrero de 1542, despues de asentarse en varios lugares desde 1532.
Se convirtió en capital de la Nueva Galicia, en 1560.
El 27 de mayo de 1824, el gobernador Prisciliano Sánchez la proclamó capital del Estado de Jalisco, como sede de poderes estatales.