Los primeros habitantes llegaron del 3,000 al 1,800 antes de nuesta era; después los toltecas, chichimecas y nahoas. La fundación prehispánica fue cerca de la laguna, pero se cambió al lugar actual a causa de las inundaciones. En 1521, cuando invadieron los españoles Cristóbal de Olid y Juan Rodríguez de Villafuerte este lugar, le llamaron "San Sebastián". En 1824 se erigió en municipio. Posteriormente, el 10 de noviembre de 1939 se le cambió el nombre en memoria del insurgente don Valentín Gómez Farias.

San Sebastián antiguo nombre de la cabecera municipal hoy;