Cerca del arroyo del Colomo, en Zacapalla se establecieron los primeros pobladores indígenas de la región, perteneciente al tlatoanazgo de Aótlan, donde gobernaba Copaya. En este lugar se han descubierto "tumas de tiro". La región fue invadida por el capitán español Francisco Cortés de San Buenaventura, en 1524. A principios de 1800, por las fuertes corrientes del arroyo del colomo, los habitantes se cambiaron a un lugar cercano que se llamó "Hacienda de Zacate Grullo", por la hierba que crece en los pantanos, estableciéndose en 1830 con el nombre de "Santa María de Guadalupe de El Grullo". El 29 de septiembre de 1900 era comisaría política y judicial. El 14 de diciembre de 1912 se erigió en municipio.