La fundación se debe a los indígenas tecos de Amóllan. En 1544 , durante la evangelización, la peste casi acabó con la población, y los sobrevivientes se establecieron en la parte alta del río, fundando San Miguel, sitio que después fue abandonado porque cuando crecía la corriente del río arrasaba los jacales. Y buscando un mejor lugar, se asentaron en una cañada boscosa del manantial. El 5 de agosto de 1727 se les dio título de pueblo y tierras para la comunidad indígena que se llamó "San Miguel de Ejutla". El 2 de agosto de 1875 se erigió en municipio.

Exótla donde abundan los ejotes; éxotl=ejote o vaina verde de frijol, tla= abundancia (representado por: éxotl=ejote, tlántli=diente, por el sonido tlan)