En el siglo XII indígenas cocas del Hueytlatoanazgo de Tonállan fueron "Cocóllan". A principios del siglo XVI se destruyó el primer asentamiento indígena, trasladándose al valle de Tlajomulco y después a Acatlan, y en 1519 al cerro de Cocula. En 1532, los evangelizadores franciscanos cambiaron la población al sitio actual. La conquista del capitán Alonso de Avalos fue pacífica, y le cambio el nombre por "Villa de Cázares", que no perduró.

Ya tenía ayuntamiento en 1825 y en 1910 se erigió como municipio

Cocóllan

junto al limo de agua;
cocóllin=planta acuática,
tlan=entre
(representado por: cocólin=limo comestible del lago)