En la época prehispánica fue gobernaba el guerrero Huexotzin en este señorío del tlatonazgo de Etzátlan. El poblado fue incendiado por los indígenas purépechas, en 1510.

Hacia 1524, el territorio fue invadido por Francisco Cortés de San Buenaventura, y encomienda de Juan de Escarcena, de Etzatlán.

El 8 de abril de 1844 fue municipio, recordando al héroe insurgente José María Mercado.

Ayahualólco

en la cueva del río;
atl=agua,
yahuallólli=enroscada,
co=lugar